Σε περίπτωση αμφισβήτησης του αποτελέσματος που εκδίδεται από τα εργαστήρια του ΓΧΚ υπάρχουν δυο δυνατότητες διαχείρισης από τον πολίτη, όπως φαίνεται πιο κάτω:
1. Ένσταση κατά του αποτελέσματος σε επίσημες αναλύσεις δειγμάτων τροφίμων
Σε περίπτωση που έχει ληφθεί δείγμα τροφίμου στα πλαίσια επισήμων ελέγχων των αρμόδιων Αρχών του Κράτους (π.χ. Υγειονομικές Υπηρεσίες του Υπουργείου Υγείας) και έχει εκδοθεί πιστοποιητικό ανάλυσης από τo ΓΧΚ, ο ενδιαφερόμενος πολίτης/υπεύθυνος επιχείρησης τροφίμων από τον οποίο λήφθηκαν τα δείγματα, μπορεί να υποβάλει ένσταση στο Διευθυντή του ΓΧΚ κατά του αποτελέσματος της ανάλυσης.
Συγκεκριμένα:
Σύμφωνα με τον περί Τροφίμων (΄Ελεγχος και Πώληση) Τροποποιητικό Νόμο Αρ. Ν.20(Ι) του 2003 (άρθρο 15-(7) του βασικού νόμου), ο ενιστάμενος δικαιούται εντός μιας ημέρας να υποβάλει γραπτώς ένσταση, μόνο αφού καταβάλει στο ΓΧΚ το εκάστοτε ισχύον τέλος, για τη συγκεκριμένη ανάλυση.
Επιπλέον, σύμφωνα με το άρθρο 15-(7), ο ενιστάμενος έχει το δικαίωμα να υποδείξει ιδιώτη χημικό, ο οποίος πρέπει να είναι εγγεγραμμένος χημικός δυνάμει των περί Εγγραφής Χημικών Νόμων του 1988 και 1992, και ο οποίος μπορεί να συμμετέχει στην Επιτροπή Εξέτασης της Διαδικασίας Ανάλυσης, εκπροσωπώντας τον ενιστάμενο.
Η εν λόγω Επιτροπή διορίζεται από το Διευθυντή του ΓΧΚ για να εξετάσει όλες τις διαδικασίες που εφαρμόστηκαν κατά τη διενέργεια της ανάλυσης ώστε να διαπιστωθεί η ορθότητα της προσέγγισης και εκδίδει Έκθεση Πορισμάτων, την οποία κοινοποιεί στον ενιστάμενο.
Σημειώνεται ότι στα πλαίσια αυτά δεν επαναλαμβάνεται ανάλυση.
2. Ένσταση κατά του αποτελέσματος σε επίσημες αναλύσεις δειγμάτων εκτός τροφίμων
Σε περιπτώσεις αμφισβήτησης σε αποτελέσματα του ΓΧΚ που δεν αφορούν αναλύσεις τροφίμων τότε ανάλογα ακολουθούνται οι για την περίσταση ισχύουσες πρόνοιες της νομολογίας.
Έτσι για παράδειγμα σε περίπτωση αμφισβήτησης αποτελεσμάτων εξέτασης φαρμάκων, βάσει της σχετικής νομοθεσίας, του περί Φαρμάκων Ανθρώπινης Χρήσης (έλεγχος ποιότητας, προμήθειας και τιμών) νόμος του 2001 έως 2006, Ν70(Ι)/2001, άρθρο 96Γ (1), ο κάτοχος της άδειας κυκλοφορίας του φαρμακευτικού προϊόντος δικαιούται να υποβάλει ένσταση σε διάστημα 15 ημερών από την κοινοποίηση του αποτελέσματος στην αρμόδια αρχή, που είναι ο Έφορος του Συμβουλίου Φαρμάκων (Φαρμακευτικές Υπηρεσίες).
Στα πλαίσια αυτής της ένστασης μπορεί να ζητηθεί επανέλεγχος του δείγματος. Στον επανέλεγχο δύναται να παρευρίσκεται ο κάτοχος της άδειας κυκλοφορίας του φαρμακευτικού προϊόντος ή εκπρόσωπός του.