Το ΚΕΘ βρίσκεται καθημερινά σε στενή συνεργασία, επικοινωνία και συντονισμό με τους Ακόλουθους Υγείας στη Μόνιμη Αντιπροσωπεία της Κυπριακής Δημοκρατίας στην ΕΕ, στις Βρυξέλλες, για την αποτελεσματική εκπροσώπηση και προώθηση των θέσεων του Υπουργείου Υγείας στις Ομάδες Εργασίας του Συμβουλίου, στην Επιτροπή Μονίμων Αντιπροσώπων και στα Συμβούλια Υπουργών Υγείας. Η επικοινωνία αφορά στον καθορισμό, διαχωρισμό, συντονισμό και παρακολούθηση των θεμάτων που συζητούνται στις διάφορες Ομάδες Εργασίας του Συμβουλίου, στο χειρισμό της συνεπακόλουθης αλληλογραφίας και στις τοποθετήσεις του Υπουργείου Υγείας επί των διαφόρων θεμάτων που συζητούνται στις Ομάδες Εργασίας του Συμβουλίου της Ευρωπαϊκής Ένωσης, στις Επιτροπές της Ευρωπαϊκής Επιτροπής και σε άλλα αρμόδια όργανα.