Το Γενικό Χημείο του Κράτους αποτελείται από 19 εργαστήρια. Το κάθε εργαστήριο ειδικεύεται και αφοσιώνεται στο δικό του πεδίο εργασίας. Η λειτουργία και το πεδίο δραστηριοτήτων του κάθε εργαστηρίου περιγράφεται στο Εγχειρίδιο Ποιότητας, το οποίο είναι μέρος του Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας του ΓΧΚ.
Δεκαεννέα από τα εργαστήρια του Γ.Χ.Κ. (Εργ. Αρ. 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 19, 20 και 21) έχουν διαπιστευθεί σύμφωνα με το Ευρωπαϊκό / Διεθνές Πρότυπο EN ISO/IEC 17025:2017.
Δεκατέσσερα (14) από τα εργαστήρια του ΓΧΚ (Εργ. Αρ. 1, 2, 5, 6, 8, 9, 12, 13, 14, 15, 16, 19, 20 και 21) έχουν οριστεί σαν Επίσημα Εργαστήρια Ελέγχου Τροφίμων (περιλαμβανομένου του πόσιμου νερού) σύμφωνα με το άρθρο 37 του Κανονισμού (ΕΕ) αρ.2017/625.
Επτά από τα εργαστήρια του ΓΧΚ (Εργ. Αρ. 1, 5, 8, 12, 14, 16, και 21) έχουν οριστεί σαν Εθνικά Εργαστήρια Αναφοράς σύμφωνα με το άρθρο 100 του Κανονισμού (ΕΕ) 2017/625.