Για να διασφαλίζεται η ασφάλεια των τροφίμων, είναι ανάγκη να εξετάζονται όλες οι πτυχές της αλυσίδας παραγωγής τροφίμων ως μία συνέχεια, από την πρωτογενή παραγωγή μέχρι και την πώληση ή τη διάθεση του τροφίμου στον καταναλωτή, διότι κάθε στάδιο έχει δυνητικό αντίκτυπο στην ασφάλεια των τροφίμων. Οι πηγές κινδύνου στα τρόφιμα οι οποίες ενυπάρχουν στο επίπεδο της πρωτογενούς παραγωγής θα πρέπει να εντοπίζονται και να ελέγχονται καταλλήλως για να διασφαλίζεται υψηλό επίπεδο προστασίας του καταναλωτή όσον αφορά την ασφάλεια των τροφίμων, με την εφαρμογή της Ενωσιακής και Εθνικής νομοθεσίας από τις Αρμόδιες Αρχές.
Το Τμήμα Γεωργίας ετοίμασε εθνική νομοθεσία η οποία επικεντρώνεται στην πρόληψη με την εφαρμογή διαδικασιών ορθής υγιεινής πρακτικής, ιχνηλασιμότητας κ.α., ώστε να επιβεβαιώνεται η ασφάλεια των τροφίμων φυτικής προέλευσης στο στάδιο της πρωτογενούς παραγωγής για συμμόρφωση με την Ενωσιακή Πράξη 882/2004 (ΕΚ). Μέσω της εν λόγω νομοθεσίας υιοθετούνται συστήματα παρακολούθησης και επίσημων ελέγχων για επιβεβαίωση της συμμόρφωσης των υπευθύνων γεωργικών εκμεταλλεύσεων στην υιοθέτηση τέτοιων πρακτικών από το στάδιο της προετοιμασίας και φύτευσης του χωραφιού, μέχρι τη συγκομιδή και απομάκρυνσή τους από τη γεωργική εκμετάλλευση, με στόχο την εκμηδένιση των μικροβιακών κινδύνων στο τελικό προϊόν. Ο υπεύθυνος επιχείρησης τροφίμων φυτικής προέλευσης (παραγωγός) οφείλει να εντοπίσει τις πηγές κινδύνου στα τρόφιμα φυτικής προέλευσης που υπάρχουν στο επίπεδο πρωτογενούς παραγωγής και να τις αξιολογήσει για την ορθή διαχείρισή τους και κατ’ επέκταση, συμμόρφωσή του με την εν λόγω νομοθεσία.
Οι Υγειονομικές Υπηρεσίες έχουν την αρμοδιότητα ελέγχου της υπόλοιπης τροφικής αλυσίδας των τροφίμων μη ζωικής προέλευσης, δηλαδή μετά την πρωτογενή παραγωγή μέχρι τον τελικό καταναλωτή.