Το πρόγραμμα εργασίας του ΚΕΘ περιλαμβάνει ένα ευρύ φάσμα δραστηριοτήτων, οι κυριότερες των οποίων είναι η ενεργός συνεργασία με τα Θεσμικά Όργανα της Ευρωπαϊκής Ένωσης, περιλαμβανομένης και της συμμετοχής του Υπουργείου Υγείας στις Ομάδες Εργασίας και Επιτροπές του Συμβουλίου της ΕΕ και στις Επιτροπές της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, και ο συντονισμός των εργασιών σε εθνικό επίπεδο με όλες τις εμπλεκόμενες υπηρεσίες, για τη διαχείριση θεμάτων που άπτονται της Δημόσιας Υγείας.