Αποτελεί τη διαδικασία, η οποία διακρίνεται από την αξιολόγηση του κινδύνου, της στάθμισης εναλλακτικών πολιτικών, αφού ζητηθεί η γνώμη των ενδιαφερόμενων μερών και αφού ληφθεί υπόψη η αξιολόγηση του κινδύνου και άλλοι εύλογοι παράγοντες και, εάν χρειαστεί, της επιλογής των κατάλληλων μέσων πρόληψης και ελέγχου.
Στην Κύπρο αρμόδιες αρχές για τη διαχείριση του κινδύνου σε σχέση με τρόφιμα και ζωοτροφές είναι οι παρακάτω:
- Οι Υγειονομικές Υπηρεσίες του Τμήματος Ιατρικών Υπηρεσιών και Υπηρεσιών Δημόσιας Υγείας του Υπουργείου Υγείας και οι κατά τόπους Δήμοι για όλα τα τρόφιμα που διατίθενται προς πώληση.
- Οι Κτηνιατρικές Υπηρεσίες του Υπουργείου Γεωργίας, Αγροτικής Ανάπτυξης και Περιβάλλοντος για όλα τα τρόφιμα ζωικής προέλευσης από την φάρμα μέχρι το λιανεμπόριο, δηλαδή πριν τη τοποθέτηση των προϊόντων στο λιανεμπόριο. Στην περίπτωση του κρέατος οι Κτηνιατρικές Υπηρεσίες είναι αρμόδιες και για το λιανεμπόριο εκτός από τα παγωτά και το μέλι για τα οποία αρμόδια αρχή είναι οι Υγειονομικές Υπηρεσίες.
- Το Τμήμα Γεωργίας του Υπουργείου Γεωργίας, Αγροτικής Ανάπτυξης και Περιβάλλοντος για τις ζωοτροφές.
Για αντιμετώπιση τυχόν διατροφικών κρίσεων, εφαρμόζεται το «Εθνικό Σχέδιο Συντονισμού Διαχείρισης Διατροφικών Κρίσεων» το οποίο έχει καταρτιστεί με βάση την Ενωσιακή νομοθεσία.