Η διαδικασία επιστημονικής βάσης που απαρτίζεται από τέσσερα βήματα: τον προσδιορισμό της πηγής του κινδύνου, τον χαρακτηρισμό της πηγής του κινδύνου, την αξιολόγηση της έκθεσης στον κίνδυνο και τον χαρακτηρισμό του κινδύνου.
Σε ευρωπαϊκό επίπεδο, αρμόδια για την αξιολόγηση του κινδύνου σε τρόφιμα και ζωοτροφές είναι η Ευρωπαϊκή Αρχή Ασφάλειας Τροφίμων (EFSA).
Σε εθνικό επίπεδο, το κάθε εμπλεκόμενο Τμήμα / Υπηρεσία, έχει την ευθύνη αξιολόγησης του κινδύνου σε τρόφιμα, αναλόγως αρμοδιότητας. Επιπλέον σε θέματα που άπτονται των αρμοδιοτήτων του, το ΓΧΚ διεξάγει εκτιμήσεις της έκθεσης του Κυπριακού πληθυσμού σε χημικές και άλλες ουσίες, και προς τούτο συστάθηκε Μονάδα Εκτίμησης Κινδύνου. Όταν κριθεί αναγκαίο, το ΣΑΤ δύναται να αναλάβει ρόλο εθνικού συντονιστή.