Το Γενικό Χημείο του Κράτους ως ο κατεξοχήν αρμόδιος κρατικός φορέας του χημικού, βιολογικού, μικροβιολογικού, ραδιολογικού και τοξικολογικού εργαστηριακού ελέγχου, λειτουργεί ως εθνικό κέντρο ελέγχου των τροφίμων και διεξάγει επίσημο έλεγχο που αφορά τόσο την ασφάλεια των τροφίμων όσο και την ποιότητα και αυθεντικότητα τους. Διεξάγει εργαστηριακούς ελέγχους σε όλη την αλυσίδα παραγωγής, από το χωράφι ή τη φάρμα μέχρι και το πιάτο του καταναλωτή σε συνεργασία με τις Αρμόδιες Αρχές, με σκοπό την αποτελεσματική και όσο το δυνατόν προληπτική προστασία του.
Ο έλεγχος της ασφάλειας τροφίμων περιλαμβάνει παραμέτρους που έχουν σχέση με την: α) χημική ασφάλεια τους (όπως Πρόσθετα τροφίμων, Υπολείμματα Φυτοφαρμάκων και Κτηνιατρικών Φαρμάκων, Μυκοτοξίνες, Φυτικές Τοξίνες, Νιτρικά, Βαρέα Μέταλλα, Πολυαρωματικοί Υδρογονάνθρακες, Φουράνιο, Ακρυλαμίδιο, 3-Μονοχλωροπροπανοδιόλη, Καρβαδιμικός Αιθυλεστέρας, Υπερφθοριωμένες Ενώσεις, Διοξίνες και παρόμοια με διοξίνες πολυχλωριωμένα διφαινύλια (PCBs), Ουσίες οι οποίες μεταφέρονται στα τρόφιμα από τα Υλικά σε Επαφή με Τρόφιμα, β) ραδιολογική ασφάλεια τους (ραδιονουκλίδια), γ) μικροβιολογική ασφάλειά τους (μικροβιολογικές παράμετροι) και δ) βιολογική ασφάλειά τους (γενετικά τροποποιημένοι οργανισμοί και αλλεργιογόνες ουσίες).
Ο έλεγχος της ποιότητας και αυθεντικότητας των τροφίμων περιλαμβάνει τον έλεγχο της σύστασης, ποιότητας και θρεπτικής αξία τους, τον έλεγχο τυχόν νοθείας τους και τον έλεγχο της αυθεντικότητας τους.