Οι έλεγχοι στα τρόφιμα ζωικής προέλευσης διενεργούνται από την πρωτογενή παραγωγή μέχρι την τοποθέτησή τους στο λιανεμπόριο και στην περίπτωση του κρέατος, οι έλεγχοι των Κτηνιατρικών Υπηρεσιών επεκτείνονται και στο λιανεμπόριο.
Προς επίτευξη των στόχων αυτών, οι Κτηνιατρικές Υπηρεσίες φέρουν αποκλειστική ευθύνη στην οργάνωση, συντονισμό και εφαρμογή των ελέγχων στο επίπεδο παραγωγής, επεξεργασίας, μεταφοράς, αποθήκευσης και διάθεσης στην αγορά τροφίμων ζωικής προέλευσης. Τέτοια τρόφιμα είναι τα ερυθρά και λευκά κρέατα, άγρια ή εκτρεφόμενα θηράματα, ζωντανά δίθυρα μαλάκια-εχινόδερμα και γαστερόποδα, βατραχοπόδαρα, αλιευτικά προϊόντα, γάλα και γαλακτοκομικά προϊόντα, προϊόντα με βάση το κρέας (αλλαντικά), κρεατοσκευάσματα, εδώδιμα υποπροϊόντα σφαγείου και προϊόντα αυγών.
Επιπλέον οι Κτηνιατρικές Υπηρεσίες επιβλέπουν, ελέγχουν και εγκρίνουν τη λειτουργία εγκαταστάσεων που παράγουν, αποθηκεύουν ή διακινούν σε επίπεδο χονδρικού εμπορίου τα πιο πάνω προϊόντα με απώτερο στόχο να διασφαλίζεται ότι τα προϊόντα αυτά είναι ποιοτικά και ασφαλή για τον καταναλωτή. Οι Κτηνιατρικές Υπηρεσίες εκτός από τους ελέγχους που διενεργούν σε προϊόντα που παράγονται και διακινούνται σε εθνικό επίπεδο, είναι υπεύθυνες να διενεργούν ελέγχους σε προϊόντα που αφικνούνται από άλλα Κράτη Μέλη της Ευρωπαϊκής Ένωσης καθώς και σε τρόφιμα ζωικής προέλευσης που εισάγονται από Τρίτες Χώρες.
Οι Κτηνιατρικές Υπηρεσίες στα πλαίσια των πιο πάνω ελέγχων και αρμοδιοτήτων, συνεργάζονται στενά με άλλες αρμόδιες αρχές όσο αφορά τη διερεύνηση καταγγελιών, περιστατικών τροφικών δηλητηριάσεων με απώτερο στόχο την ολοκληρωματική προσέγγιση των θεμάτων που άπτονται μιας τόσο σημαντικής υποχρέωσης όπως είναι η προστασία του καταναλωτή.