Βασική αποστολή του Τμήματος Γεωργίας πέραν της βελτίωσης της ανταγωνιστικότητας του γεωργοκτηνοτροφικού τομέα, της προστασίας του περιβάλλοντος και του τοπίου και της βελτίωσης της ποιότητας ζωής στις αγροτικές περιοχές αποτελεί και η αναβάθμιση της ποιότητας και ασφάλειας των τροφίμων και ζωοτροφών, καθώς και η μείωση της απώλειας και σπατάλης τροφίμων. Προς το σκοπό αυτό συμμετέχει ενεργά στα Κοινοτικά και Διεθνή όργανα λήψης αποφάσεων, και εφαρμόζει το κοινό γεωργικό νομοθετικό και ρυθμιστικό κεκτημένο που υπάγεται στην αρμοδιότητα του, συμπεριλαμβανομένης της διαχείρισης κινδύνου, ικανοποιώντας αφενός τις συναφείς υποχρεώσεις της χώρας μας προς την Ε.Ε. και διασφαλίζοντας, ταυτόχρονα, την παραγωγή ποιοτικά αναβαθμισμένων και ασφαλών γεωργικών προϊόντων και τροφίμων προς όφελος τόσο των παραγωγών όσο και των καταναλωτών.
Το Τμήμα Γεωργίας, μεταξύ άλλων, είναι η αρμόδια αρχή και για την εφαρμογή και τον έλεγχο της νομοθεσίας που αφορά την ποιότητα, ασφάλεια, προμήθεια, χρήση ζωοτροφών, την ασφάλεια των τροφίμων φυτικής προέλευσης στο στάδιο της πρωτογενούς παραγωγής, την υγεία των φυτών και την ορθή χρήση φυτοπροστατευτικών προϊόντων.