Οι Κτηνιατρικές Υπηρεσίες του Υπουργείου Γεωργίας, Αγροτικής Ανάπτυξης και Περιβάλλοντος είναι αρμόδιες τόσο για τον έλεγχο των τροφίμων ζωικής προέλευσης όσο και για τον έλεγχο των ζωικών ασθενειών, συμπεριλαμβανομένης της διαχείρισης κινδύνου. Είναι διαρθρωμένες σε κεντρικό και επαρχιακό επίπεδο. Σε κεντρικό επίπεδο λειτουργούν οι δύο τομείς, ο Τομέας της Κτηνιατρικής Δημόσιας Υγείας και ο Τομέας Υγείας και Ευημερίας των Ζώων. Επίσης σε κεντρικό επίπεδο λειτουργούν οι Κλάδοι των Κτηνιατρικών Εργαστηρίων, των Κτηνιατρικών Φαρμακευτικών Προϊόντων, των Ευρωπαϊκών και Διεθνών θεμάτων, των Δημόσιων Συμβάσεων και Δημοσιότητας, Διαφώτισης και της Εκπαίδευσης.
Οι Κτηνιατρικές Υπηρεσίες εφαρμόζουν την Ενωσιακή και την Εθνική νομοθεσία που αφορά τα τρόφιμα ζωικής προέλευσης στο στάδιο της παραγωγής, μεταποίησης, αποθήκευσης και μεταφοράς.
Ο Τομέας Κτηνιατρικής Δημόσιας Υγείας έχει την αποκλειστική ευθύνη της έγκρισης των εγκαταστάσεων παραγωγής τροφίμων ζωικής προέλευσης και την εξέλεγξη του HACCP στις εν λόγω εγκαταστάσεις, με εξαίρεση τις εγκαταστάσεις που παράγουν παγωτό και μέλι, και τον καταρτισμό προγράμματος επιθεωρήσεων και δειγματοληψιών και συντονισμού ελέγχων στις εγκαταστάσεις τροφίμων ζωικής προέλευσης.
Η αρμοδιότητα των Κτηνιατρικών Υπηρεσιών φτάνει μέχρι το σημείο λιανικής πώλησης όσον αφορά τα τρόφιμα ζωικής προέλευσης, ενώ για το κρέας συμπεριλαμβάνει και το σημείο λιανικής πώλησης εφόσον έχει και την αποκλειστική ευθύνη για την εγγραφή των κρεοπωλείων. Επίσης, έχει την ευθύνη για τον συντονισμό των ελέγχων όσον αφορά το ενδοκοινοτικό εμπόριο των τροφίμων ζωικής προέλευσης.
Επιπλέον, οι Κτηνιατρικές Υπηρεσίες συνεργάζονται με άλλες Υπηρεσίες, για την πρόληψη και διερεύνηση τροφικών δηλητηριάσεων και μολυσματικών ασθενειών.